Грунтовые воды в Московской и ближайших к ней областях, неоднородны и по качеству, и по минерализации, и по глубине залегания. Вода песчаного (фильтрового) водоносного слоя залегает на глубинах от 10 до 40 метров, и ее качество напрямую зависит от торфяников, которые залегают в Юго-Восточных районах (Орехово-Зуево, Шатура, Егорьевск) и в Северных районах (Лотошино, Клин, Дмитров). Кроме этого на качество фильтрового пласта повсеместно влияет деятельность человека, поэтому воду из скважин, забуренных до песчаного горизонта, обязательно надо проверять в лабораториях на содержание микроорганизмов и минералов, а кроме того, обязательно пропускать через систему фильтров.
Известняковые водоносные горизонты располагаются очень неравномерно и залегают на глубине от 20 метров в районе Чехова и Серпухова, до 180 метров в районах Дмитрова, Солнечногорска, Клина. Но и эта артезианская вода имеет низкие показатели качества из-за высокого содержания растворенных в ней минералов. В некоторых районах содержание солей кальция и магния приближается к 20 миллиграммам на литр, что не позволяет использовать ее без очистки. В районах по Минскому направлению превышение допустимых норм железа в 4-5 раза, а превышение содержания фтора локально проявляется во многих районах. Поэтому после обустройства скважин и их промывки, необходимо проведение комплексного анализа состояния воды, и на его основании, устанавливать в доме надежные системы очистки и фильтрации воды.
Но не смотря на общую сложную обстановку с качеством воды - есть районы, где она соответствует нормам почти полностью. Чистая вода поступает из скважин в районе Наро-Фоминска, Ступино, Зарайска, Щелкова, Юга Сергиево-Посадского района и почти на всей площади Новой Москвы. Она могла бы быть чище и в других районах, если бы не деятельность человека.